Cơ cấu tổ chức

Trước năm 1989, toàn bộ hệ thống Đường sắt do một cơ quan Trung ương chi phối, lúc đó được gọi là Tổng cục Đường sắt với trụ sở tại Hà Nội. Từ năm 1989 đến ngày 4-3-2003, ngành Đường sắt được cơ cấu lại thành một doanh nghiệp Nhà nước với tên là Liên hiệp Đường sắt Việt Nam, hoạt động trên nguyên tắc thị trường mở.

Từ ngày 7-7-2003 Đường sắt Việt Nam chính thức đi vào hoạt động theo mô hình tổ chức mới: Tổng Công ty đường sắt Việt Nam, trong đó khối vận tải bao gồm 4 đơn vị chính là Công ty vận tải hành khách đường sắt Hà Nội, Công ty vận tải hành khách đường sắt Sài Gòn, Công ty vận tải hàng hoá đường sắt và Trung tâm điều hành vận tải đường sắt.

Công ty vận tải hành khách đường sắt Hà Nội
Địa chỉ: 120 đường Lê Duẩn, Thành phố Hà Nội,
bao gồm các đơn vị:
- Xí nghiệp đầu máy Hà Nội
- Xí nghiệp đầu máy Đà Nẵng
- Xí nghiệp vận dụng toa xe khách Hà Nội
- Xí nghiệp sửa chữa toa xe Hà Nội
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Yên Lào
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Hà Lạng
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Hà Hải
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Hà Ninh
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Thanh Hoá
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Nghệ Tĩnh
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Quảng Bình
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Quảng Trị - Thừa Thiên
- Ga Hà Nội (gồm cả ga Long Biên)
- Ga Vinh
- Ga Đồng Hới
- Ga Huế

Công ty vận tải hành khách đường sắt Sài Gòn
Địa chỉ: 136 đường Hàm Nghi, Thành phố Hồ Chí Minh, bao gồm các đơn vị:
- Xí nghiệp đầu máy Sài Gòn
- Xí nghiệp toa xe Sài Gòn
- Xí nghiệp khai thác hàng hoá Đà Nẵng
- Xí nghiệp toa xe khách Đà Nẵng
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Quảng Nam - Đà Nẵng
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Nghĩa Bình
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Phú Khánh
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Thuận Hải
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Sài Gòn
- Xí nghiệp in đường sắt Sài Gòn
- Khách sạn Faifo
- Ga Sài Gòn
- Ga Nha Trang
- Ga Tháp Chàm
- Ga Diêu Trì
- Ga Đà Nẵng

Công ty vận tải hàng hoá đường sắt
Địa chỉ: 130 đường Lê Duẩn, Thành phố Hà Nội,
bao gồm các đơn vị:
- Xí nghiệp đầu máy Hà Lào
- Xí nghiệp đầu máy Vinh
- Xí nghiệp vận dụng toa xe hàng Hà Nội
- Xí nghiệp vận dụng toa xe hàng Sài Gòn
- Xí nghiệp toa xe Vinh
- Xí nghiệp toa xe Đà Nẵng
- Xí nghiệp cơ khí xếp dỡ Sài Gòn
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Hà Thái
- Xí nghiệp vận tải đường sắt Hà Quảng
- Ga Giáp Bát
- Ga Thịnh Châu
- Ga Bút Sơn
- Ga Bỉm Sơn
- Ga Hoàng Mai
- Ga Đông Hà
- Ga Sóng Thần
- Ga Yên Viên
- Ga Đồng Đăng
- Ga Tiên Kiên
- Ga Lâm Thao
- Ga Lào Cai
- Ga Xuân Giao
- Ga Hải Phòng

Trung tâm điều hành vận tải đường sắt
Địa chỉ: 118 đường Lê Duẩn, Thành phố Hà Nội,
bao gồm các đơn vị:
- Phòng điều hành vận tải trung tâm
- Sở điều hành vận tải đường sắt Đà Nẵng
- Sở điều hành vận tải đường sắt Đà Nẵng

Cơ quan của Tổng công ty đường sắt Việt Nam đóng trụ sở tại 118 đuờng Lê Duẩn, Hà Nội, là một tổ chức tham mưu cho Lãnh đạo Tổng công ty và có nhiệm vụ giám sát và cộng tác với các Công ty và Trung tâm điều hành vận tải cũng như các đơn vị trực thuộc trong các lĩnh vực liên quan đến Đường sắt. Cơ quan này cũng chịu trách nhiệm về chiến luợc phát triển Đường sắt và các dự án đầu tư nước ngoài cũng như chương trình hiện đại hoá Đường sắt.